En el siguiente enlace se explica de manera bastante sencilla los pasos a seguir en caso de que queramos generarnos una aplicación MapReduce a partir de un proyecto Maven:

-Configuración de las variables de entorno

-Creación de un nuevo proyecto de Maven

-Adición de dependencias

-Creación de la aplicación MapReduce

-Compilar la aplicación

-Carga del archivo .jar

https://azure.microsoft.com/es-es/documentation/articles/hdinsight-develop-deploy-java-mapreduce-linux/#develop